Việc không công khai phí trong mỗi chuyến xe khiến người dùng không biết mình đang trả tiền cho những loại phí gì. Đôi khi người trả nhiều tiền hơn chưa chắc đã có xe nhanh hơn.
Các dự án đường sắt đặc thù trong đó có Dự án đường sắt cao tốc Bắc - Nam vừa được bổ sung cơ chế sử dụng vốn đối ứng, vốn ODA và vốn vay ưu đãi nước ngoài.